De Romeinse keizersfamilie Claudia of Flavia zou de brug hebben laten bouwen om de belangrijke stad Emerita Augusta van water te voorzien. Uit recente zogeheten thermolumoniscentietests (methode om met behulp van lichtdoorlaatbaarheid de datering van materiaal vast te stellen) die zijn uitgevoerd door de Autonome Universiteit van Madrid, is gebleken dat de bouw niet dateert uit de eerste, maar uit het begin van de vierde eeuw. Deze periode wordt ook wel de Late Oudheid genoemd, verwijzend naar de overgangsfase van de oudheid naar de Middeleeuwen.
Gebouwd tussen de vierde en de zesde eeuw
Het 830 meter lange aquaduct met een maximale hoogte van 25 meter heeft tot voor kort model gestaan als een van Spanjes belangrijkste romeinse bouwwerken. Totdat tests die in laboratoria in Spanje en Duitsland zijn uitgevoerd, deze theorie aan het wankelen hebben gebracht. Aan de hand van deze tests wordt geconcludeerd dat de bouw moet hebben plaatsgevonden tussen de vierde en de zesde eeuw na de jaartelling.
De bouw van het aquaduct valt samen met de periode dat de stad Augusta Emerita, het huidige Mérida, de hoofdstad werd van het grote Bisdom Hispaniarum, een provincie zo groot als het schiereiland en het noorden van Afrika. De stad werd in die periode fors uitgebreid met onder andere belangrijke stedelijke bouwwerken, waaronder ook het aquaduct.
Details niet kenmerkend voor Romeinse bouwstijl
Civiel ingenieur Manuel Durán Fuentes, voormalig docent geschiedenis civiele techniek, is van mening dat constructiedetails uit de bogen van het aquaduct los Milagros kenmerken heeft uit de late oudheid zoals het gebruik van kleine stenen om het bouwwerk waterpas te maken, een techniek die door de Romeinen nog niet werd toegepast. Ook het gebruik van kleine steenlagen, afgewisseld met grotere stenen is niet kenmerkend voor de eerste eeuw, maar werd pas toegepast vanaf de derde eeuw.
Durán heeft ook alle andere Romeinse bruggen in Spanje bestudeerd en heeft bij enkele daarvan ook twijfels over de oorsprong. De Villa del Río in Cordoba bijvoorbeeld heeft volgens Durán wel een Romeinse fundering, maar is de constructie van de bogen kenmerkend voor de periode van het kalifaat en voor een oosterse manier van bouwen.
Isaac Moreno Gallo, technisch ingenieur voor openbare werken, bevestigt de woorden van Durán. Volgens hem komen dit soort fouten in de datering van Romeinse bouwwerken in Spanje heel veel voor. “Alle oude stenen bouwwerken zonder verdere documentatie worden vaak ten onrechte als Romeins bestempeld, aldus Moreno.