De Braziliaanse politie vermoedt dat het om een vergeldingsactie gaat van mensen tegen wie Hernández publiekelijk klachten indiende tegen de illegale jacht en het illegaal verbranden van grond in het natuurgebied waarin hij woonde.
De 49-jarige bioloog werd vermoedelijk in zijn huis doodgeschoten. Hij had verschillende schotwonden in zijn hoofd. Later zou hij naar een waterval vlakbij zijn huis zijn gebracht. De elektriciteit en telefoonlijnen waren afgesneden. Ook ontbrak zijn computer.
Volgens Hernandez’ weduwe, met wie hij al tien jaar in Brazilië woonde, heeft hij nooit expliciete bedreigingen ontvangen en had hij ook geen vijanden. Wel was hij al jaren actief aan het strijden tegen illegale jacht op bedreigde diersoorten in het beschermde gebied.