Omdat zijn handelen door het grondwettelijk hof van Spanje als illegaal is bestempeld vluchtte hij die dag nog het land uit. Na omzwervingen via Duitsland, waar hij even gevangen zat, kwam hij terecht in het Belgische Waterloo, waar hij nu woont. Sinds de Spaanse onderzoeksrechter Pablo Llarena in juli 2018 het arrestatiebevel tegen Puigdemont heeft ingetrokken naar aanleiding van de uitspraak van het hooggerechtshof in het Duitse Sleeswijk, kan de ex-premier zich buiten Spanje vrij verplaatsen. In Spanje zelf is het arrestatiebevel nog van kracht.
In april 2019 stelde Puigdemont zich kandidaat als lijsttrekker van de onafhankelijkheidspartij Junts per Catalunya voor de Europese Parlementsverkiezingen en behaalde uiteindelijk een zetel in het Europees Parlement. Voor die positie ontvangt hij maandelijks 8.000 euro loon plus 4.320 euro aan onkostenvergoedingen, plus 306 euro per dag voor logies, reizen en eten en drinken. Hij beschikt over vier adviseurs in Brussel die door het Europees PArlement worden betaald.
Toch houdt hij daarnaast in Barcelona een kantoor aan met drie medewerkers. De kosten hiervan lopen op tot 235.044,59 euro per jaar. Die kosten komen voor rekening van de Spaanse belastingbetaler. De adviseurs in Sanje van de in zelfgekozen ballingschap levende politicus komen neer op 3.500 euro per maand. Dit wordt besteed aan etentjes, vergaderingen en reizen.
De Spaanse politieke partij Ciudadanos stelt vragen over deze uitgaven. ‘Het lijkt erop dat de adviseurs van Puigdemont vrij geld kunnen uitgeven. Het kan niet zijn dat het bedrag zo hoog is. Men moet er rekening mee houden dat Puigdemont zijn dagelijkse werkzaamheden in Brussel uitvoert en daar al voor wordt betaald door de EU.’ Volgens de partij zijn alle kosten die in Barcelona worden gemaakt en gerelateerd zijn aan dit kantoor omgeven door obscurantisme dat iedereen probeert te verhullen, zo zei een bron bij Ciuadanos over dit thema tegen de krant El Confidencial. Daarbij komt nog dat er voor het kantoor officieel geen huur wordt gerekend omdat het zich bevindt in een gebouw dat eigendom is van de Generalitat, de regionale overheid van Catalonië.